Çinili Köşk Müzesi koleksiyonlarında 11.- 20.yüzyıl başlarına tarihlenen Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait 2000 civarında eser bulunmaktadır. Müze’nin koleksiyonlarını 1981 yılında konum olarak yakınlığı nedeniyle İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü’ne bağlandığında mevcut olan eserler ile arkeolojik kazılarda bulunan, satın alma, bağış ve müsadere yoluyla giren eserler oluşturmaktadır.

Bu koleksiyonlardan seçilen çini ve seramikler; girişin solundaki odada Selçuklu Dönemi, sol taraftaki dışa açılan eyvanda Slip teknikli ve Milet işi, orta salon ile birlikte beş köşeli çıkıntılı odada İznik yapımı, Gülhane Parkı’na bakan sağ köşe odada Kütahya yapımı ve dışa açılan sağ eyvanda ise Çanakkale yapımı eserler olmak üzere girişin solundan başlayarak devam eden bir yerleşim düzeni içinde sergilenmektedir.