Kumbarhane Camii, II. Selim’in annesi Mihrimah Sultan tarafından II. Selim’in humbaracılar ve lağımcılar için yaptırdığı kışlanın ortasına 1793 yılında yaptırılmıştır. Başlangıçta tek minareli olarak inşa ettirilen camiye II. Selim daha sonra bir minare daha ekletmiştir. Cami son haline 1803 – 1804 yılları arasında kavuşmuştur.
350 metrekarelik bir alan üzerinde kurulu olan cami, Humbaracılar Kışlası Camii olarak da anılmaktaydı. Camiyi çevreleyen kışla odalarından özellikle deniz tarafındaki odalar günümüze gelmemiştir.