Merkez Efendi Camii’nin yapımından önce burada 1517 yılında Kanuni Sultan Süleyman tarafından Mimar Sinan’a yaptırılmış bir tekke bulunmaktadır. Tekkenin yanına, Merkez Efendi’nin ölümünden sonra, 1552 – 1572 yılları arasında aynı adla anılan bu cami yaptırılmıştır. 

Bir başka rivayete göreyse, cami 1580 yılında yapılmış, 1582’de ibadete açılmıştır. II. Sultan Mahmud döneminde yenilenen cami, orijinal özelliklerini korumaktadır. 

Kuvvet vermesiyle meşhur, doğal bir besin olan mesir macununun mucidi ve halk hekimliğiyle yaptığı çalışmalarıyla tanınan ünlü bir tıp bilgini olan Merkez Efendi’nin türbesi, camide yer almaktadır. Türbenin Kanuni Sultan Süleyman tarafından sıklıkla ziyaret edildiği bilinmektedir. Türbenin yanında, Merkez Efendi’nin tarikatının inanış ve geleneklerine göre yapılmış bir çilehane bulunmaktadır. Merkez Efendi, zaman zaman bu çilehanede dünya ile olan tüm ilişiğini kesmiştir. 

Dikdörtgen bir plana sahip caminin duvarları kagirdir. Kapı ve pencereleri tuğladan yuvarlak kemerlerle yapılmıştır. Son derece geniş avlusunda Merkez Efendi ve ailesine ait türbe, şadırvan, camiye su sağlayan kutu ve çilehane bulunmaktadır. 

Caminin restorasyonu sürmektedir.