1581 yılında Mimar Sinan’a yaptırılan Rüstem Ali Paşa Camii, dönemin ve Mimar Sinan’ın sadeliğinden oldukça uzak bir yapıdır. İç dekorasyonunda kullanılan İznik çinileriyle görenleri kendisine hayran bırakan cami, Eminönü’nde oldukça kalabalık bir yerleşim merkezinin ortasında yer alır.

Geçirdiği deprem ve yangınlardan sonra hasar gören yapı II. Mustafa zamanında onarılmış, bu onarımlar esnasında orijinalliğini kısmen yitirmiştir.