Cankurtran ve Kadırga semtleri arasında bulunan bu cami, Bizans İmparatoru Iustinianos tarafından ilk olarak bir kilise olarak inşa ettirilmiştir. Tarihi 530 yılına dayanan Sergios ve Bakhos adındaki kilise, İstanbul’un fethini takip eden yıllarda II. Bayezit döneminde camiye çevrilmiştir.

Taş ve tuğla ile inşa edilen yapı, İstanbul’un en eski Bizans Dönemi yapısı olarak anılır.

Caminin içerisinde Hüseyin Ağa Medresesi yer alır. Medrese, geçtiğimiz yıllarda restore edilmiş ve Türk el sanatlarının hizmetine verilmiştir.