Kocamustafapaşa’da bulunan caminin aslı Hosios Andreas Manastırı Kilisesi’dir. 1284 yılında, Teoddora tarafından kızlar manastırı kurulmuş ve kilise inşa edilmiştir.

İstanbul’un fethinden sonra harap halde bulunan kilise, Koca Mustafa Paşa tarafından 1489 yılında camiye çevrilmiş, ek olarak medrese, han, imaret, hamam ve çeşme yaptırılarak bir külliyeye dönüştürülmüştür.

Türk mimarisi üslubunda yapılan merkezi kubbe, iki yarım kubbe ile desteklenmiş, dış duvarlar Türk üslubunda bir kılıf içerisine alınmıştır. İç mimarisinde Bizans etkileri hissedilen caminin dış görünümü tamamen Osmanlı Türk unsurlarıyla yenilenmiştir.

Osmanlı minarelerinde kandil yakma geleneği ilk bu camide başladığı bilinmektedir.